De plus en plus de résultats de recherche montrent à quel point les micro-organismes du sol, des plantes et des êtres humains sont étroitement liés, ce qui faisait l’objet d’un article précédent (voir « One Health » : Comment le microbiome du sol, des plantes et de l’intestin humain est lié, partie I). Nous décrivons ici des interactions concrètes. Par exemple, le contact avec la nature dès l’enfance peut avoir une influence positive sur la diversité microbienne intestinale. Grandir dans un environnement rural ou jouer dans des crèches en pleine nature est particulièrement bénéfique. Une étude de 2025 montre un effet similaire chez les adultes : même de courts séjours dans des espaces verts ont une influence positive sur le microbiote intestinal. Le mode de production des aliments joue également un rôle. C’est ce que confirme une étude comparant le microbiome de pommes issues de l’agriculture biodynamique à celui de fruits issus de l’agriculture conventionnelle . Les interactions entre les micro-organismes sont extrêmement complexes, mais une chose apparaît de plus en plus clairement : la santé est une interaction à laquelle tous participent – « One Health ».

Le microbiome du sol, des plantes et de l’intestin humain est interconnecté et fonctionne selon des mécanismes extrêmement complexes – c’est ce que montre une étude de synthèse de Ma et al. (2025), (voir « One Health » : Comment le microbiome du sol, des plantes et de l’intestin humain est interconnecté, partie I ) [1]. Il en ressort clairement que ce n’est pas seulement l’alimentation qui influence le microbiote intestinal, mais aussi l’environnement dans lequel on évolue. L’« effet ferme » est déjà bien connu : les enfants qui grandissent dans une ferme ont tendance à développer moins souvent des allergies que les enfants issus de zones urbaines [2]. Une étude finlandaise montre en outre que l’environnement de la crèche a également une influence : lorsque les enfants jouent davantage sur le sol de la forêt et sur des pelouses, leur microbiote est plus diversifié que celui des enfants fréquentant des crèches urbaines sans contact avec la nature. Cette diversité accrue s'accompagne d'une présence plus importante de bactéries qui renforcent le système immunitaire et peuvent ainsi contribuer à la prévention des allergies [3]. La question de savoir si ce lien existe également chez les adultes a jusqu’à présent été beaucoup moins étudiée. Dans ce contexte, des chercheurs ont analysé - dans le cadre d’une étude randomisée menée en Chine - l’impact de la fréquentation des espaces verts urbains sur le microbiome des adultes [4].

Au total, 30 participants adultes en bonne santé ont pris part à l'étude ; ils ont été répartis en trois groupes : le premier groupe a séjourné dans des espaces verts en plein air (green space, GS), le deuxième groupe dans un espace extérieur non végétalisé (non-green space, NGS) et le troisième groupe a passé son temps à l'intérieur (groupe Indoor). Les participants ont reçu pour consigne de passer deux heures par jour, pendant sept jours consécutifs, dans l’environnement qui leur avait été attribué. Le parc du groupe « GS » abritait une grande diversité d’espèces végétales, notamment des arbres, des arbustes et des graminées. Les participants du groupe « NGS » se sont rendus dans un espace extérieur ouvert situé à proximité de rues commerçantes. Le groupe « Indoor » a passé ces deux heures dans une salle de cours d’une université. Avant et après l’intervention, les chercheurs ont prélevé des échantillons de selles et de salive afin d’analyser le microbiote. Tous les participants ont été invités à adopter une alimentation équilibrée.

Au début de l’étude, la diversité moyenne du microbiote intestinal était comparable dans les trois groupes. Après l’intervention, le groupe « GreenSpace » a présenté une diversité microbienne significativement accrue (p < 0,05). De plus, les échantillons de selles ont révélé une augmentation des bactéries bénéfiques pour la santé, telles que les lactobacilles. Dans le groupe « NonGreenSpace », qui évoluait en milieu urbain, on a en revanche observé une diminution de la diversité microbienne. L’analyse des échantillons de selles du groupe « Indoor » n’a révélé pratiquement aucun changement. Le microbiote intestinal peut apparemment évoluer rapidement et de manière détectable.

Un séjour dans un parc est souvent associé à une réduction du stress. Une diminution du stress peut influencer la fonction intestinale et entraîner ainsi des modifications dans la composition du microbiote intestinal. De plus, en respirant l’air ou en entrant en contact avec des surfaces dans des environnements naturels, les personnes sont en contact avec des micro-organismes. Ceux-ci peuvent interagir avec les micro-organismes déjà présents dans l’intestin et déclencher ainsi diverses réactions biologiques. Les effets de ces interactions dépendent des espèces bactériennes impliquées. Une étude récente datant de 2026 a montré que certaines bactéries peuvent introduire dans les cellules humaines des protéines qui influencent des voies de signalisation importantes du système immunitaire. Les chercheurs y voient un lien possible avec des maladies auto-immunes telles que la maladie de Crohn [5]. Des modifications du microbiote intestinal sont également associées à des pathologies telles que l’obésité et le diabète de type 2, ainsi qu’au stress et aux troubles psychiques. Une faible diversité de micro-organismes, une forte présence de bactéries pathogènes et un nombre insuffisant de bactéries bénéfiques telles que les lactobacilles constituent des indices d’un microbiote intestinal perturbé [6].

Tout au long de la vie d’un individu, l’alimentation est toutefois considérée à ce jour comme l’un des facteurs ayant la plus forte influence sur les bactéries intestinales. Une alimentation riche en fibres et à base de végétaux, comprenant des céréales complètes, des légumineuses, des légumes, des fruits et des fruits à coque, est bénéfique pour la santé, car ce type d’alimentation augmente la diversité microbienne [6 ].

Lorsque des antibiotiques sont utilisés dans l’élevage, comme c’est couramment le cas en agriculture conventionnelle, des gènes de résistance aux antibiotiques peuvent être détectés dans l’environnement. Ceux-ci ont un effet pathogène dans la mesure où la résistance aux antibiotiques peut se transmettre à l’homme. C'est ce que montre l'étude décrite dans la partie I, qui a porté sur des élevages porcins et leurs environs [7].

En ce qui concerne les plantes et les produits végétaux, le mode de culture joue un rôle majeur. Une étude a comparé le microbiome de pommes issues de l’agriculture conventionnelle et de l’agriculture biodynamique [8 ]. Si le nombre total de bactéries présentes sur les pommes ne différait guère, leur composition, elle, présentait des différences notables : les pommes issues de l’agriculture biodynamique présentaient une diversité microbienne nettement plus élevée et une répartition plus homogène des communautés bactériennes que les pommes issues de l’agriculture conventionnelle. De plus, les chercheurs ont trouvé moins de micro-organismes potentiellement pathogènes sur les pommes issues de l’agriculture biodynamique.

Tous ces résultats soulignent le lien étroit entre le sol, la plante et l’être humain : les micro-organismes interagissent entre eux et au-delà des frontières des espèces . Et ce, même en très peu de temps. Un microbiome du sol diversifié, tel qu’on le trouve dans les sols biodynamiques, favorise la diversité microbienne des plantes, qui peut à son tour influencer, par le biais de l’alimentation, le microbiome intestinal de l’être humain. La santé commence dès le sol, dans lequel poussent les plantes et nos aliments. Elle va bien au-delà de l’assiette, jusqu’aux plus petites cellules de l’intestin. C’est une santé que tous partagent : « One Health ».

Bibliographie

[1] Ma H, Cornadó D & Raaijmakers JM (2025) : « The soil-plant-human gut microbiome axis into perspective ». Nature Communication 16, 7748.
https://doi.org/10.1038/s41467-02562989z

[2] Illi S, von Mutius E, Neuherberg (2018) : « La cohorte de naissance PASTURE » dans : Pädiatrische Allergologie 4. Société d’allergologie pédiatrique et de médecine environnementale (GPA). Disponible à l'adresse : https://www.gpau.de/fileadmin/user_upload/GPA/dateien_indiziert/Zeitschriften/Paed_Allergologie_2018_4.pdf, consulté le 09/06/2026

[3] Roslund MI, Puhakka R, Grönroos M, Nurminen N, Oikarinen S, Gazali AM, Cinek O, Kramná L, Siter N, Vari HK, Soininen L, Parajuli A, Rajaniemi J, Kinnunen T, Laitinen OH, Hyöty H, Sinkkonen A, groupe de recherche ADELE (2020) : « L’intervention en faveur de la biodiversité améliore la régulation immunitaire et le microbiote commensal associé à la santé chez les enfants fréquentant les crèches » Science Advances 6:eaba2578. 
https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.aba2578

[4] Wang L, Li JY, Zhu XQ, Jiang JC, Li C, Zheng ZH, et al. (2025) : « Effets d’une intervention consistant en une exposition aux espaces verts sur le microbiote humain : un essai contrôlé randomisé mené auprès de jeunes adultes chinois ». Ecotoxicology and Environmental Safety 296:118183. https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2025.118183

[5] Young V, Dohai B, Halder H. et al. (2026) : « Effector-host interactome map links type III secretion systems in healthy gut microbiomes to immune modulation ». Nature Microbiology 11 : 442-60.
https://doi.org/10.1038/s41564-025-02241-y

[6] Backes G (2026) : « Le microbiome – Mise à jour pour les conseils nutritionnels » dans : Blog de la DGE. Société allemande de nutrition (DGE). Disponible à l’adresse : https://www.dge.de/blog/2026/das-mikrobiom-update-fuer-die-ernaehrungsberatung/ consulté le 16/06/2026.

[7] Song L, Wang C, Jiang G, Ma J, Li Y, Chen H & Guo J (2021) : « Le bioaérosol est une voie de transmission importante des gènes de résistance aux antibiotiques dans les élevages porcins ». Environment International 154, 106559.
https://doi.org/10.1016/j.envint.2021.106559

[8 ] Wassermann B, Müller H, Berg G (2019) : « Une pomme par jour : quelles bactéries consommons-nous avec
des pommes bio et conventionnelles ?» Frontiers in Microbiology 10:1629. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.01629

Autres articles sur le microbiote :

Les enfants qui jouent dehors sont moins sujets aux allergies
https://www.sektion-landwirtschaft.org/fr/alimentation/articles/sv/les-enfants-qui-jouent-dehors-sont-moins-sujets-aux-allergies

Les bactéries, du champ à l’intestin : une comparaison entre les pommes issues de l’agriculture biodynamique et celles issues de l’agriculture conventionnelle
https://www.sektion-landwirtschaft.org/fr/alimentation/articles/sv/des-bacteries-du-champ-a-lintestin-une-comparaison-entre-des-pommes-biodynamiques-et-conventionnelles

Allons à la campagne - un système immunitaire sain grâce à l'effet ferme
https://www.sektion-landwirtschaft.org/ernaehrung/artikel/ea/raus-aufs-land-gesundes-immunsystem-dank-bauernhofeffekt

Aliments fermentés pour têtes pensantes
https://www.sektion-landwirtschaft.org/fr/alimentation/articles/sv/aliments-fermentes-pour-tetes-pensantes

Le glyphosate et le microbiome
https://www.sektion-landwirtschaft.org/fr/alimentation/articles/sv/le-glyphosate-et-le-microbiome

Microbiote
https://www.sektion-landwirtschaft.org/fr/alimentation/articles/sv/microbiote